赛默飞离子阱质谱是利用高电场使质谱进样端的毛细管柱流出的液滴带电，在氮气气流的作用下，液滴溶剂蒸发，表面积缩小，表面电荷密度不断增加，直至产生的库仑力与液滴表面张力达到雷利极限，液滴爆裂为带电的子液滴，这一过程不断重复使最终的液滴非常细小呈喷雾状，这时液滴表面的电场非常强大，使分析物离子化并以带单电荷或多电荷的离子形式进入质量分析器。
离子阱质谱从液相中产生离子，一般说来，肽段的混合物经过液相色谱分离后，经过偶联的与在线连接的离子阱质谱分析，给出肽片段的精确的an基酸序列,但是分析时间一般较长。


赛默飞离子阱质谱的功能强大：
离子阱有全扫描和选择离子扫描功能，同时具有离子储存技术，可以选择任一质量离子进行碰撞解离，实现二级或多级MSn分析功能。
但离子阱的全扫描和选择离子扫描的灵敏度是相似的。
广泛应用于蛋白质组学和药物代谢分析。
已经出现了很多离子阱质谱与其它分析仪器联用的技术，如气相色谱-离子阱质谱联用仪（GC-ITMS）、FTR-ITMS联用技术。


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