箱式生物过滤器是循环水处理诸多环节中的核心设备。在循环水体总水量固定的情况下，投入的总氮量不断增加，这些含氮物质在一系列的生物的作用下，转化成溶解于水的氨或亚硝酸盐类，这些物质的不断积累，将导致水生生物的中毒。故在循环水养殖中必须将这些氨氮等物质转化为无毒的物质。生化箱就是通过一定的载体，培育生化细菌，对水中的氨氮等物质进行分解。但生化过滤需要一定的前置预处理，如过滤沙缸、蛋白质分离器等都可作为生物过滤的预处理设备。