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办理医疗机构许可证的流程主要包括以下步骤：

一、申请设置医疗机构

1. 申请主体：

   • 申请设置医疗机构必须是独立承担民事责任的企业、机关、事业、社团、组织的法人或个人。
   • 个人申请者需具有当地户口，经医师执业技术考试考核合格，取得《医师执业证书》，并在一级甲等以上医院连续从事同一专业临床工作五年以上的执业医师。

2. 提交材料：

   • 设置医疗机构的可行性报告和选址报告。
   • 资信证明。
   • 如果是申请设置二级医院，或者单位和个人设置的100张床位以下的医疗机构，还需向所在县卫生行政部门提出申请，然后报地级市卫生行政部门审批。

3. 审批流程：

   • 卫生行政部门在受理设置申请书之日起30天内，会作出是否批准设置的决定。
   • 如果批准，会发给《设置医疗机构批准书》。

二、申请医疗机构执业登记

1. 提交材料：

   • 《医疗机构执业许可证》申请报告，详细说明申请机构的名称、地址、法定代表人、主要负责人，以及拟开设的诊疗科目、床位数等基本情况。
   • 医疗机构用房产权证明或使用证明（包括房产证、租赁合同等），以及医疗机构建筑设计平面图，以证明申请机构具备合法的用房条件。
   • 法定代表人或者主要负责人的身份证明、学历证明、职称证明以及任职资格证书等，以证明其具备从事医疗管理工作的资质和能力。
   • 医护人员的身份证明、学历证明、职称证明、执业资格证书以及注册证书等，以证明其具备从事医疗诊疗工作的资质和能力。
   • 医疗机构规章制度，包括医疗管理、护理管理、感染管理、药品管理等方面的制度，以证明申请机构具备完善的内部管理体系。
   • 医疗技术操作规程，包括各诊疗科目的技术操作规程、医疗设备使用规程等，以证明申请机构具备规范的医疗技术操作能力。
   • 根据具体情况，可能还需要提供环保验收合格证明、消防验收合格证明、放射诊疗许可证等其他相关资料。

2. 审批流程：

   • 申请人凭《设置医疗机构批准书》向卫生行政部门申请办理医疗机构执业许可证。
   • 卫生行政部门在受理执业登记之日起45天内，会经审核验收。
   • 如果合格，会发给《医疗机构执业许可证》；如果不合格，会将审核结果以书面形式通知申请人。